Insights sobre a evolução do genoma do cloroplasto em Opuntioideae (Cactaceae) revelam topologias filogenéticas robustas, mas às vezes conflitantes

Os genomas de cloroplastos são frequentemente tratados como altamente conservados entre as plantas. No entanto, muitas linhagens de plantas vasculares experimentaram rearranjos estruturais, incluindo inversões e modificações no tamanho e conteúdo dos genes. Os cactos são uma dessas linhagens, contendo o menor plastoma conhecido para uma angiosperma obrigatoriamente fotossintética, incluindo a perda de uma cópia da repetição invertida e do conjunto de genes ndh, mas apenas alguns cactos da subfamília Cactoideae foram caracterizados. Aqui, investigamos a variação das sequências do plastoma na segunda maior linhagem das Cactaceae, a subfamília Opuntioideae, para abordar 1) quão variável é o conteúdo e arranjo das sequências do genoma do cloroplasto na subfamília, e 2) quão filogeneticamente informativas são as sequências do plastoma para resolver as principais relações entre os clados de Opuntioideae. Nossa montagem de novo do plastoma de Opuntia quimilo recuperou um organelo de 150.347 pb de comprimento com ambas as cópias da repetição invertida e a presença de todo o conjunto de genes ndh. Uma expansão da unidade de cópia única grande e uma redução da unidade de cópia única pequena foi observada, incluindo translocações e inversão de genes, bem como a putativa pseudogenização de alguns loci. Análises comparativas entre todos os clados dentro de Opuntioideae sugeriram que a estrutura e o conteúdo do plastoma variam entre os táxons desta subfamília, com putat